Dès sa sortie, certains se sont rués sur Windows Vista, et ont eu la mauvaise surprise, après l'avoir installé, de constater que le logiciel iTunes était incompatible.
Heureusement, quelque temps après, Apple remédiait à ce problème en proposant un patch.

Autre problème signalé : l'iPod sous Windows Vista. En effet, Windows Vista « éjecte » le baladeur ou émet des erreurs de fichiers lorsque l'iPod d'Apple est branché.

Heureusement pour les possesseurs de l'iPod, Microsoft et Apple se sont penchés ensemble sur le problème pour enfin sortir un patch, résolvant ainsi le problème aussi bien sur les versions 32 que 64bits de Windows Vista.